Почему, допустим, слово "unite", переходя во 2-ую форму правильного глагола, образуется "united", а не "uniteed", все равно же окончание "-ed" ?

Немая буква е в корне слова - опускается (правило такое) и при разборе глагола во второй форме окончание выделяем ed

потому что если само слово оканчивается на -е-, то добавляется не -ed-, а просто -d-, поэтому united