Томат имеет сильно развитую корневую систему стержневого типа. Корни разветвленные, растут и формируются быстро. Уходят в землю на большую глубину (при безрассадной культуре до 1 м и более), распространяясь в диаметре на 1,5-2,5 м. При наличии влаги и питания дополнительные корни могут образовываться на любой части стебля, поэтому томат можно размножать не только семенами, но также черенками и боковыми побегами (пасынками). Поставленные в воду, они через несколько суток образуют корни.
Растения томата отличаются от других овощей сильноразветвленной корневой системой. Молодые растения имеют ярко выраженный стержневой корень. От главного корня отходят корни первого порядка, от них — корни второго порядка. Бывают также корни третьего и четвертого порядков. Все корни покрыты густой массой корневых волосков. При безрассадной культуре томата корни достигают длины 100…150 см, отдельные корни проникают на глубину до 2 метров. Корни ветвятся в основном на глубине 55…85 см, охватывая до 1,25 м3 земли. При рассадной культуре корневая система располагается в более поверхностных слоях почвы.