Благодаря бактериям происходит распад растительных и животных остатков. Наряду с другими организмами, бактерии играют важную роль в образовании перегноя и гумуса. Таким образом, бактерии участвуют в образовании почвы. В почве живут различные почвенные бактерии, в клубеньках бобовых растений живут азотфиксирующие бактерии, которые оказывают благоприятное влияние на плодородие почвы, так как насыщают ее азотными соединениями.