Моллюски имеют более дифференцированную пищеварительную систему и печень, нервная система мягкотелых- разбросанно-узлового типа, органы чувств развиты лучше ( у кольчецов - брюшная нервная цепочка) , кровеносная система моллюсков не замкнутая, дыхательная система имеет жабры или лёгочный мешок ( у червей отсутствует) , выделительная система - видоизменённые метанефридии, половая система более совершенна. отличия во внешнем строении: у червей тело - сигментированный кожно-мускульный мешок, а тело моллюсков имеет отделы и раковину (в большинстве случаев) . у червей органы движения - параподии (щетинки) , у моллюсков - мускулистая нога (брюхоногие) , щупальца (головоногие) . у моллюсков встречается ассиметрия тела (брюхоногие) и отсутствие головы (двустворчатые) . у двустворчатых - вводной и выводной сифоны.
Кровеносная система рыб замкнутая, сердце состоит из 2 камер: предсердия и желудочка. От желудочка к жабрам отходит большой кровеносный сосуд — аорта, ветвящийся на более мелкие — артерии. В жабрах артерии образуют густую сеть мельчайших сосудов — капилляров. После обогащения крови кислородом (обогащённая кислородом кровь называется артериальной) сосуды вновь собираются в артерию, которая ветвится на более мелкие артерии и капилляры. В органах тела через стенки капилляров кислород и питательные вещества поступают в ткани, а из тканей в кровь — углекислый газ и другие продукты жизнедеятельности.