На берегу водного биоценоза построили завод, может ли измениться водоем?

Он не сможет изменится

Да. Сначала вымрут русалки, потом уйдёт водяной... Начнут проявлятся мутагенные изменения у рыбы и раков. Водомерки и жабы станут ядовитыми и начнут нападать на людей. Комары вырастут в размерах, после чего постепенно захватят лес. Постепенно разрастётся ареал обитания опасных существ...
Наступит апокалипсис...
"И живые позавидуют мёртвым" (с) Сильвер