Ну первое - это по внешнему строению, стержневая система выглядит как главный, самый толстый корень и тонкие придаточные, а мочковатая система как узел из тоненьких придаточных корней, во вторых стержневая система глубже уходит в грунт, чем мочковатая, да и стержневое строение корня у двудольных, а мочковатое у однодольных