У лиственницы шишки относительно крупные (длиной 2,5-3,5 см) ; семенные чешуи плотно прижаты и при высыхании широко не раскрываются; семенные чешуи имеют опушение и вогнутую ложковидную форму. Их край гладкий, полукруглый, без зазубрин; острия кроющих чешуи везде выступают над семенными чешуями; в шишках имеется 3-7, в среднем 4 парастихи (спирали, по которым размещены чешуи в шишке) ; молодые шишки чаще всего красноватые, а побеги светлые - соломенно-желтые, реже серовато-желтые. У лиственницы Гмелина шишки мельче, обычно не длиннее 2,5 см; семенные их чешуи прилегают неплотно и при высыхании сильно растопыриваются; семенные чешуи плоские, иногда даже с вывернутым наружу краем; они, как правило, не имеют опушения; край семенных чешуи неровный, с зубчиками и углублениями; острия кроющих чешуи выступают над семенными чешуями только у основания шишки; в шишках имеется 2-5, в среднем 3 парастихи; молодые шишки чаще всего зеленоватые, а побеги желтовато-бурые (темнее, чем у лиственницы сибирской) . По строению и размерам хвои, количеству хвоинок в пучках, форме шишек, соотношению длины и ширины семенных чешуи эти виды лиственниц почти не различаются.
Шишки продолговато-цилиндрические, заострённые, не рассыпающиеся, опадают по созревании семян целыми в первый год оплодотворения. Зрелые шишки висячие, сухие, кожистые или деревянистые, длиной до 15 см, диаметром 3—4 см. Шишки состоят из оси, на которой расположены многочисленные кроющие чешуи, а в их пазухах — семенные чешуи, на верхней поверхности которых обычно развивается по 2 семяпочки, снабжённых так называемым ложным крылом. Семена созревают в октябре, разносятся ветром. Не теряют всхожести 8—10 лет.
