О ранних годах жизни путешественника известно мало, и многие сведения о нём того периода носят предположительный характер. По некоторым данным, он родился и вырос в Амстердаме и начал свою морскую службу в 16 лет . Официально задокументировано, что в конце 1590-х годов Янсзон поступил на службу в «Oude compagnie», одну из предшественниц Голландской Ост-Индской компании, в качестве капитана судна «Hollandia», входившего в состав второй эскадры, посланной голландцами в Голландскую Ост-Индию в 1598 году мая 1601 года путешественник снова отправился в Ост-Индию, но уже в качестве капитана корабля «Lam», а 18 декабря1603 года он же был послан в качестве капитана судна «Duyfken» для поисков Новой Гвинеи и других восточных , и южных земель. Вилем Янсзон на судне "Дейфкен" в 1605 г " обнаружил в южной части Индийского океана обширный массив суши, названный Зейдландтом (Южной Землей) , который стали считать частью Южного материка. В начале 1606 Янсзон повернул на юго-восток, пересек Арафурское море и подошел к западному берегу полуострова Кейп-Йорк в заливе Карпентария. Затем "Дрейфкен" поплыл на юг вдоль плоского пустынного берега, достиг 6 июня 1606 мыса Кервер. Продолжив плавание Янсзон проследил и нанес на карту приблизительно 350 километров береговой линии полуострова Кейп-Йорк до его крайней северной оконечности и назвал эту часть полуострова Новой Гвинеей, полагая, что она является продолжением этого острова.
Затем "Дрейфкен" поплыл на юг вдоль плоского пустынного берега, достиг 6 июня 1606 мыса Кервер. Продолжив плавание Янсзон проследил и нанес на карту приблизительно 350 километров береговой линии полуострова Кейп-Йорк до его крайней северной оконечности и назвал эту часть полуострова Новой Гвинеей, полагая, что она является продолжением этого острова.