Плавание рыб осуществляется благодаря сокращению мышц, которые объединены сухожилиями с позвоночником. Сокращение мышц, передающееся на позвоночник, побуждает его к волнообразному движению — по всей длине тела, или лишь в хвостовом отделе. Мускулатура рыб представлена двумя типами мышц. «Медленные» мышцы (красного цвета) используются при длинном монотонном плавании, благодаря постоянному насыщению кислородом они могут долго не утомляться. В отличие от них, «быстрые» белые мышцы к быстрому внезапному сокращению. Они используются при быстрых внезапных рывках, при этом могут генерировать бо́льшую, чем красные мышцы мощность, но быстро утомляются.
Круглоротые и рыбы для дыхания используют жабры, расположенные в жаберных щелях (парных отверстиях, сообщающих полость глотки с окружающей средой). Жабры сформировались из выпячиваний стенок глотки и наружных покровов. Вследствие активизации образа жизни позвоночных появляется необходимость усиленной вентиляции жабр. Таким образом, скелет и мышцы жаберных дуг сформировали насос. У круглоротых жаберный насос устроен следующим образом: снаружи жабр расположена хрящевая жаберная решётка; её сжимают висцеральные мышцы, в результате чего вода выталкивается через жаберные отверстия, после чего жаберная решётка расправляется и к жабрам снова поступает вода. Жаберные дуги хрящевых рыб разделены на несколько подвижных частей, которые под действием висцеральных мышц могут складываться и расправляться. Изменяется объём глотки и вода поступает к жабрам через рот, при этом обратному течению противостоят специальные клапаны. У костных рыб развиты подвижные жаберные крышки, закрывающие жаберные щели. Мышцы попеременно открывают и закрывают жаберные крышки, изменяя объём околожаберных полостей. Вода поступает через рот и выходит наружу, омывая жабры
