Сходство: они являются одномембранными органоидами и представляют собой систему полостей и цистерн. Отличия: в ЭПС происходит образование веществ, которые затем поступают в комплексе Гольджи и претерпевают биохимические превращения (созревают). Также комплекс Гольджи участвует в образовании лизосом.
Общее в строении ЭПС и КГ — мембранная организация их структур (каналов, полостей, цистерн), атакже способность отделять мембранные пузырьки с синтезированными и модифицированными веществами. Сходство функций ЭПС и КГ заключается в способности к синтезу веществ, однако эти вещества разные. Различной является и форма этих двух органоидов.