Большую часть известных науке видов бактерий составляют гетеротрофы. Большая часть бактерий потребляет органические вещества умерших организмов или их отмирающих частей. Используя содержащиеся в них органические вещества как питательные, бактерии превращают их в неорганические.
Бактерии питаются готовыми органическими веществами. Одни бактерии, которых называют сапротрофы, питаются органическими веществами мертвых растений и животных. Другие бактерии - паразиты поселяются на живых организмах и питаются за их счет.