Серьёзной проблемой, связанной с эксплуатацией АЭС, является утилизация радиоактивных отходов, К радиоактивным отходам относят отработанное ядерное топливо, оборудование АЭС, отслужившее свой срок. Утилизация радиоактивных отходов осуществляется на специальных заводах, где проводится переработка отходов. Высокорадиоактивные долгоживущие продукты деления ядер урана размещают в небольшие капсулы, которые закладывают на промежуточное хранение с последующим долговременным надёжным размещением под землёй.