Этот вид транспорта наиболее экологичен, суда вырабатывают минимум токсичных веществ, однако сброс в воду отходов, выхлопных газов, шумовое воздействие негативно влияют на флору и фауну водоемов. Особенно опасны аварии на судах, так как продукты, изливающиеся в результате аварии, по воде распространяются быстро на многие километры.