В основе комбинативной изменчивости лежат три основные причины. Первая причина — это половой процесс, в результате которого возникает огромный набор разнообразных генотипов. Вторая причина комбинативной изменчивости — кроссинговер. Третья причина комбинативной изменчивости — случайный характер встреч гамет в процессе оплодотворения.
