Все органоиду разделены на две группы по принципу строения мембраны: первая группа – это немембранные органоиды (рибосомы, клеточный центр, цитоскелет, включения, органоиды движения), вторая группа – мембранные органоиды. Последние разделяются на одномембранные (ЭПС, комплекс Гольджи, вакуоли, лизосомы, пероксисомы) и двумембранные органоиды (митохондрия, хлоропласт, ядро).