Для властолюбивой Софьи именно Пётр представлял реальную угрозу. Это хорошо понимали в окружении царицы Натальи Кирилловны. Софью подозревали в самых страшных намерениях. Царица стала избегать кремлёвских палат и подолгу жить с сыном в подмосковном дворцовом селе Преображенском. Эти годы своеобразного «изгнания» из Кремля стали чрезвычайно важными в становлении личности царя Петра.