При деформации тела изменилось только взаимное расположение молекул. Изменилась ли при этом температура тела?

Да,   при  деформации  тела   меняется   его  температура,   т.к.   изменилось взаимное расположение его молекул, а значит, изменилась и их потенциальная энергия.