На кресте центрального купола находится свинцовая фигура голубя — символа Святого Духа. По легенде когда в 1570 году Иван Грозный жестоко расправился с жителями Новгорода, на крест Софии присел отдохнуть голубь. Увидав оттуда страшное побоище, голубь окаменел от ужаса. После Богородица открыла одному из монахов, что этот голубь послан в утешение городу — и пока он не слетит с креста, город будет им храним. Во время Великой Отечественной войны, при одном из авианалётов или артобстрелов города крест с голубем был сбит и повис на крепёжных тросах, и комендант города распорядился его снять. В Новгороде во время оккупации располагался инженерный корпус испанской «Голубой дивизии», воевавшей на стороне фашистской Германии, и как один из трофеев, крест главного купола был вывезен в Испанию.
