Фундамент Скифской платформы почти полностью скрыт под покровом мезозойско-кайнозойского осадочного чехла и изучен лишь по данным бурения и геофизики. Главную роль в его сложении играет верхнедевонско-нижнекарбоновый темносланцевый комплекс, испытавший начальный метаморфизм, интенсивные деформации и прорванный интрузиями позднепалеозойских, в основном верхнепермских гранитоидов. Подчиненное участие в его сложении принимают песчаники и вулканиты спилито-кератофирового типа. На севере, по данным сейсмики, под этот комплекс погружается раннедокембрийский фундамент, лежащий на продолжении Ростовского выступа Украинского щита. А на юге, к югу от Кисловодска в Предкавказье и на небольшой глубине в районе Симферополя в Крыму из под него выступает зеленосланцевый комплекс позднерифейского возраста. Под Кисловодском он несогласно перекрывается шельфовым вендом-силуром и на нем аллохтон но залегают офиолиты, очевидно надвинутые со стороны Передового хребта Большого Кавказа . Следы офиолитов обнаружены и в районе Симферополя в Крыму. Деформации, создавшие складчатую структуру и приведшие к метаморфизму среднепалеозойского комплекса, начались в середине визейского века раннего карбона. Они превратили будущую Скифскую платформу в ороген. В перми он начал испытывать коллапс и в его пределах местами, особенно в северной полосе, пограничной с Восточно-Европейской платформой, возникли грабен-прогибы, заполнявшиеся красноцветной грубой континентальной молассой. В северо-восточной части