Добрый день! Подскажите какие нужно расставить коды?

Здесь нужно использовать вс типизированный файл и, соответственно, вторую файловую переменную (fr2).
Сделать это можно так:
while not eof(fr) and (kol=0) do
begin
read(fr, Marshrut);
if (Marshrut.NK.N <> '11')
   then write(fr2,Marshrut)
   else begin inc(kol); y:=Marshrut; end;
end;
if not eof(fr) then
  begin
  read(fr, Marshrut);
  write(fr2,Marshrut);
  end;
if (kol=1) then  write(fr2,y);
Дальше нужно просто переписать оставшиеся записи из первого файла во второй. Затем оба файла закрыть, первый файл удалить, а второй переименовать (т.е. назвать его так, как назывался первый файл).

Попробуйте ещё вот такой вариант:
(здесь k1 и k2 - целые, а y - типа )
if (Marshrut.NK.N = '11') then
begin
writeln('... ');
inc(kol);
y:=Marshrut;
k1:=FilePos(fr)-1;
k2:=FilePos(fr);
if not eof(fr) then
 begin
 read(fr, Marshrut);
 seek (fr, k1);
 write(fr, Marshrut);
 seek (fr, k2);
 write (fr, y);
 end;

end;

//Pascal ABC.NET v3.1 сборка 1172

Var
 f,s:text;
 st,sp:string;
 i:integer;
 c:char;
begin
 assign(s,'text1.txt');
 reset(s);
 while not Eof(s) do
 begin;
 readln(s,sp);
 st:=st+sp+chr(10)+chr(13);
 end;
 close(s);
 for i:=1 to length(st) div 2 do
  begin
   c:=st[i];
   st[i]:=st[length(st)-i+1];
   st[length(st)-i+1]:=c;
  end;
 assign(f,'text.txt');
 rewrite(f);
 write(f,st);
 close(f);
end.

Текст в файле text1.txt:

Simple text
1And another simple text
2New text

Текст в файле text.txt:
txet weN2
txet elpmis rehtona dnA1
txet elpmiS