Он основатель испанской инквизиции, первый великий инквизитор Испании. Главной задачей Торквемады было религиозное и политическое объединение Испании. Для достижения этой цели он реорганизовал и расширил деятельность инквизиции. В 1483 г. Торквемада был назначен «великим инквизитором» Кастилии, а затем и Арагона.