Духовенство вместе с семьями священнослужителей в XVII в. насчитывало около 1 миллиона человек, то есть составляло около 8 % всего населения страны (12 - 12 миллионов, по оценке П. Н.Милюкова). Духовенство имело особые сословные права. В XVI - первой половине XVII в. оно, согласно Кормчей книге и постановлениям Стоглавого собора 1551 г., было подсудно церковному не только по духовным, но и по всем гражданским делам, кроме тяжких уголовных преступлений. Государство постепенно наступало на феодальные привилегии, и в 1649 г. в соответствии с Соборным Уложением духовенство (за исключением патриаршей епархии) по всем гражданским делам было подчинено Монастырскому приказу, в котором светские лица ведали судом по всем искам, предъявляемым духовенству. Впрочем, в 1667 г. Монастырский приказ был ликвидирован. Особое управление и подсудность духовенства была упразднена только в начале XVIII в. в ходе реформ Петра Великого Духовенство подразделялось на черное, или монашествующее, давшее обет безбрачия, и белое, имевшее семьи. По церковным канонам высшими иерархами могли быть только представители черного духовенства. Главой Русской православной церкви являлся патриарх. Почти до конца XVI в. Русская православная церковь управлялась митрополитом, подчиненным патриарху Константинопольскому. В 1589 г. в России было учреждено патриаршество. Русская православная церковь превратилась в автокефальную, то есть самостоятельную, а патриарх Московский и всея Руси стал равным по сану другим православным патриархам - Александрийскому, Антиохийскому, Иерусалимскому, Сербскому. Вселенским патриархом являлся патриарх Константинопольский, но его власть над автокефальными православными церквями была номинальной. Первым патриархом Московским и всея Руси был выбран Иов. Патриарх имел свой двор, свои приказы, своих бояр и дворян. Патриархи Филарет и Никон носили титулы "великих государей" и занимали положение, равное царскому. Однако светская власть уверенно держала под своим контролем управление церковью. Борьба патриарха Никона за первенствующее положение в государстве закончилась его полным поражением. Патриархи избирались церковными соборами из нескольких кандидатов, однако на деле выбор был предопределен мнением царя, формально не участвовавшим в соборах. В 1661 г. , по подсчетам церковного историка архиепископа Макария (Булгакова), на Руси было 476 монастырей, имевших земельные вотчины с крестьянами. Если учитывать скиты и пустыни, приписанные к крупным монастырям, а также вновь основанные сибирские монастыри, общее количество обителей на Руси, по некоторым оценкам, приближалось к 3 тысячам. Множества монастырей были знамениты своими подвижниками и чудотворными иконами, самой большой славой пользовались Троице-Сергиев монастырь, Соловецкий монастырь, Чудов монастырь, Новодевичий монастырь, Псковский Печерский монастырь, а после воссоединение с Украиной - Киево-Печерская лавра. Через Приказ большого дворца царь простирал свою власть на жизнь русских монастырей, сам назначал и смещал настоятелей - архимандритов и игуменов, делая исключения лишь для самых знаменитых обителей. В то же время монастыри нередко играли важную политическую роль, превращаясь в центры сопротивления иностранным захватчикам, как Троице-Сергиев монастырь в 1610-1612 гг., или становясь центрами сопротивления царской власти, подобно Соловецкому монастырю в 1668-1675 гг. Черное духовенство сосредоточило в своих руках огромных богатств. По самым скромным подсчетам, патриарху, митрополитам и епископам принадлежало в конце XVII в. около 37 тысяч, в которых числилось около 440 тысяч душ тяглого населения обоего пола. В это число не входили обширные земельные владения монастырей, многие из которых превратились в крупные хозяйственно-экономические центры.