Восстание ускорило проведение крестьянской реформы, при этом на более выгодных для крестьян условиях, чем в остальной России. Власти приняли меры по развитию начальной школы в Литве и Белоруссии, рассчитывая, что просвещение крестьянства в русском православном духе повлечёт политико-культурную переориентацию населения.За причастность к восстанию было казнено 128 человек; 12 500 было выслано в другие местности, в частности в Сибирь 800 отправлено на каторгу. Учитывая, что следствием установлено участие в восстании около 77 000 человек, можно констатировать, что всего подверглось наказанию менее 1/5 участников восстания.Эти цифры показывают, что правительство не проявляло к восставшим той особенной жестокости, о которой впоследствии станет говорить советская историография. Массовые репрессии затронули семьи причастных к восстанию, высылаемых в центральные губернии России. Кроме того, в Литве и Белоруссии было запрещено занимать государственные должности (в частности, учителей в школах и гимназиях) лицам католического вероисповедания, поэтому поляки и литовцы вынуждены были обосноваться в центральных губерниях России. После восстания в западных губерниях некоторое время сохранялось военное положение. Лицам мужского пола, кроме крестьян, запрещалось удаляться с места жительства более чем на 30 вёрст без разрешения местных властей. Польская шляхта была лишена возможности отмечать даже семейные праздники, так как существовал запрет собираться вместе нескольким людям. За это полагался штраф. Виленский генерал-губернатор в 1866 году запретил под угрозой штрафа употребление польского языка в общественных местах и в официальной переписке, ношение траура, различных польских отличий.10 декабря 1865 года Александр 2 утвердил закон, по которому всем высланным из западных губерний предлагалось в течение 2-х лет продать или обменять свои земли, а покупать их могли только православные. Литовские книги продолжали печататься за границей: в Восточной Пруссии и Соединённых Штатах Америки.
