Смута была суровым испытанием для церкви. Часть духовенства даже поддерживала Лжедмитрия. Поляки, находившиеся в то время в Москве грабили, оскверняли и уничтожали церкви. Брали служителей в заложники и даже убивали. Но всё это лишь укрепило дух верующих. В 1619 митрополит Филарет вернулся в Москву и был избран патриархом Московским. При нем значение и влияния церкви значительно возросли. Он почти стал вторым государем