Ну, во - первых, мусульмане давали хороший отпор (мягко говоря) крестоносцам. Уже это очень сильно раздражало крестоносцев. Во - вторых, тогда были другие порядки в плане религии. Мусульмане и евреи, жившие в Иерусалиме считались еретиками и язычниками (а также нелюдями), поэтому их принадлежало либо перевести в свою религию, либо всех перерезать (чем потом крестоносцы и воспользовались). В - третьих, нужно было повысить авторитет, иначе первые же попытки восстания свергли бы новую "власть". Именно, по этим, вышеперечисленным фактам крестоносцы крушили мечети, синагоги, убивали мирных граждан.