Зимой 330/29 г. до н. э. Александр, преследуя Бесса, вступил в Бактрию и через Гиндукуш спустился в долину Окса (Аму-Дарьи). Бесс, опустошив страну, отступил за реку, но ни местное население, ни другие вожди его не поддержали. Птолемей, посланный вперёд с небольшим отрядом, окружил деревню, где находился Бесс, и без труда его захватил. «Великий царь» подвергся жестокой расправе: Бесса пытали, а затем он был отослан в Экбатаны и там казнён.Македонские войска продвинулись дальше в плодородную долину Яксарта (Сыр-Дарьи). На берегу этой реки был основан город Александрия Эсхата (современный Ленинабад) — опорный пункт в Согдиане. Главными мотивами основания новых или расширения прежних поселений были соображения стратегического и социального характера: это были военные колонии, опорные пункты, в которых оседали воины старших возрастов, инвалиды, наёмники, а также селились местные жители. Население здесь было смешанным: греки, македоняне, иранцы.Завоевание Средней Азии, однако, далеко ещё не было закончено. Для его завершения необходимо было не только захватить «города», т. е. укреплённые пункты, но и подавить упорное сопротивление местного населения. В 329 г. до н. э. сильное сопротивление македоняне встретили в районе Курешаты. Несколько позже, в том же году, согдийцы и саки истребили двухтысячный македонский отряд. Против завоевателей выступили также кочевые племена Средней Азии — дахи, массагеты.