Провел церковную реформу в 1653 году, что привело к церковному расколу. Религиозное общество поделилось на старообрядцев и новообрядцев. Ярким представителем первых был протопоп Аввакум, который вскоре было убит за то, что не разделял положений реформы. Патриарх Никон часто вмешивался в политику Алексея Михайловича, за что был отстранен
