В том, что он отрицает все духовные ценности - он нигилист. По моему мнению, нигилист - понятие отрицательное, т.к. нигилисты рушат существущий строй и НЕ ПРЕДЛАГАЮТ НИЧЕГО ВЗАМЕН. Базаров не верит в любовь, в веру и т.д. И именно этот протест против ВСЕГО, отрицание ВСЕХ духовных ценностей является трагичным для Базарова.