Почему,несмотря на отказ гринёва перейти на сторону восставших,пугачёв отпустил его?

Дело не только в этом. Но это больше всего подходит.
Пугачев отпустил его, так как был благодарен ему за заячий тулуп. Ведь Гринёв проявил доброту к обычному страннику, показавшему ему дорогу.