Том Сойєр — підліток з маленького провінційного містечка Санкт-Петербург на Міссісіпі, енергійний, дотепний, підприємливий хлопчик дванадцятирічного віку, сирота якого виховує тітка Поллі. Тітка Поллі — загалом то, добра, але при цьому строга і манірна жінка, яка вважає, що її християнський обов’язок — карати дитину для його ж блага: «… Бо сказано в Писанні, що хто жаліє різок — той псує дитину». Крім Тома, тітка Поллі виховує зведеного брата Тома Сідда, паїньку і ябедника, і кузину Тома Мері, добру і терплячу дівчину. Том і Сідд відчувають взаємну неприязнь через відмінності в характерах і поглядах на життя та його правила, внаслідок яких Сідд любить накапати тітці на Тома. У романі описуються різноманітні пригоди Тома і його друзів протягом декількох місяців. У ході цих пригод він встигає стати свідком вбивства і викрити вбивцю, побратися з дівчинкою-однокласницею, втекти з дому і пожити на безлюдному острові, бути присутнім на власному похороні, заблукати в печері і благополучно вибратися з неї, а також знайти дорогоцінний скарб. Том уособлює собою безпечність і чудовий світ дитинства середини XIX століття. Його кращі друзі — Джо Гарпер і Гекльберрі Фінн. Колись був закоханий в Еммі Лоренс, але пізніше її місце в серці Тома зайняла Ребекка Тетчер (Беккі). Характер Тома як не можна краще розкритий в першому розділі, в якому Том, в покарання за те, що напередодні замість відвідування школи ходив купатися в річці, засуджений тіткою Поллі на побілку довгого забору в суботу — у вихідний день, у який у решти хлопчиків намічені веселі ігри . З сумом подумавши про те, як інші хлопці будуть знущатися над тим, що він змушений працювати, Том став винаходити план того, як позбавитися від обов’язку хоч ненадовго. Він розрахував, що за «скарби» з надр його кишені, начебто дохлого пацюки на мотузочці (щоб зручно було його крутити) або нічого не відкриваючого ключа він може купити лише дещицю свободи. Сумно розмірковуючи, Том помітив, що наближається Бен, задирання якого Том ніяк не бажав терпіти. Єдиний б для Тома зберегти свою честь був прикинутися, що він працює за власним бажанням. Коли Бен спробував дражнити Тома, той найвищою мірою здивовано поцікавився, що саме Бен вважає роботою і заявив, що мало не прохав тітку довірити йому таке відповідальне завдання. Хитрість привела до того, що Бен, а за ним і інші хлопчаки, стали просити про можливість побілити, і Том з подивом вивів якусь формулу з області людської психіки: якщо справа, яке б важка, не оплачується, то вона цікава, тому що вона — хобі. Варто ж запропонувати за цю справу плату — як воно стає роботою і втрачає свою принадність.
Том бездоганно виконує доручення тітки Поллі. Дотепність Тома не знає меж. Хитрий Том дає змогу попрацювати Бену. Як зробити так, щоб не піти до школи? Хитрість майже вдалася, але тітка Поллі здогадалася, що замислив Том. Вона вирвала йому хворий зуб, і Том пішов до школи. Хлопці заздрили йому, адже він мав між зубами дірку і міг плюватися крізь неї по-новому.Том виявився «гарним» і одержав заохочувальну Біблію. Том зі всього одержував собі користь. За право білити паркан хтось дає «майже нового» паперового змія, хтось — дохлого пацюка на мотузці. Потім усі ці корисні речі вимінювалися на квитки. За десять жовтих квитків директор школи видавав учневі Біблію. Том здружується з Беккі Тетчер. Том зворушливо залицяється до дівчини. Хлопця вирізняють хоробрість і чуйне серце. Потяг до пригод приводить Тома на кладовище. Він разом з Гекльберрі Фінном стає свідком убивства. Викривши справжнього вбивцю, Том рятує життя Мафа Поттера.Невтомні пошуки чогось надзвичайного, бажання змінити життя, йти на ризик, чудернацькі витівки. «Пірати» Том Сойєр (Чорний Месник Іспанських Морів), Гек Фінн (Кривава Рука) і Джо Гарпер (Гроза Морів) наробили переполоху в містечку. Том бере на себе провину Беккі. Книга «Анатомія» — із шухляди вчителя. Ненавмисне розірвана сторінка могла коштувати дівчинці покарання. Але на питання вчителя, хто це зробив, Том вказує на себе.Любов до пригод ледве не призвела до біди. Том і Беккі Тетчер заблукалиу печері. Турбота про дівчинку. Том і Гек стають багатими. (Все золото розділено по-братському. Том вмовляє Гека набратися терпіння, у них попереду нові пригоди.Блукання Тома І Беккі в печері Тримаючи свічки, діти пішли вниз похилою звивистою галереєю. Вони опинились у віддаленій частині печери. Тома охопив азарт дослідника. Діти забиралися все далі в потаємні глибини печери і натрапили на порожнину, де згори звисала безліч .сталактитів. Том знав звички кажанів, схопив Беккі за руку, і вони побігли у найближчий перехід.Діти натрапляють на озеро. Том і Беккі вперше відчули страх, що стиснув душі. Том і Беккі блукають печерою. Кожен новий поворот лякає хлопця, бо знайомих місць не трапляється. Беккі стримує сльози. Діти відчувають утому. Беккі плаче. Том, пересилюючи себе, силкується придумати щось розрадливе. Дівчинка засинає, а Том стереже її сон. Беккі ахотіла їсти. Том дістав з кишені шматок пирога, розломив на двох.Діти підійшли до урвища. З-за скелі висунулася чиясь рука зі свічкою. Побачивши, хто це, Том навіть поворухнутися неможе. Але Джо не впізнає його по голосу і кидається навтіки.Том іде шукати вихід або до Беккі втомилася і зголодніла. Том пішов по до
