Наверно, тупейший но почему корень из 9 = только 3, а не и 3, и -3, ведь 3*3 = 9 и -3*(-3) =

Потому что корень из девяти и корень из трёх в квадрате на самом деле математически разные вещи.
Тот случай, который вы описываете, -3 и 3 как раз попадает под определение корня из трёх в квадрате, который раскрывается с модулем.