У реки и озера водная поверхность открытая - бактерии и вредные вещества легко попадают на неё. А грунтовая вода, прежде чем оказаться на своём месте (в грунте), с поверхности просачивается через слои почвы и песка, которые действуют как фильтр и задерживают много плохих веществ.