– Ну, а если серьёзно, то я долго думал и понял, что мы сделали правильный выбор Нужна ли запятая после "ну"?

Да, запятая нужна

– Ну а если серьёзно, то я долго думал и понял, что мы сделали правильный выбор.

Обособление не нужно.

Объяснение: в данном предложении "ну" является частицей, усиливающей высказывание, и не обособляется.

Обособляется междометие "ну", побуждающее к действию: Ну, трогай!