Корень слова можно сравнить с корнем растения, дерева. Корень является началом растения от него исходит ствол, так же можно сказать и о корне слова - от него исходят все морфемы, во всех словах есть корень.
Мне кажется , что его так назвали , потому что -ну как правило корень в слове это слово к которому присоединяются разные млрфемы(суффикс , приставки) и получаются другие слова , так называемые составные -и поэтому "корень" это (главная , первоначальная часть слава) ! Ну корень , как и корень цветка , дерева , и корень слова это тоже самое!)