Но мышонок был умный и понимал,что помещик никакого вреда ему сделать не сможет.--Кто?-мышонок-сущ.,Что делал?Понимал - глагол,и пошла вторая главная основа тут их две-- мышонок понимал что (Кто?)-помещик ,(Кому?)ему сделать не сможет,и дополним-(чего?)вреда,был(какой?)умный.