Многие простейшие ведут паразитический образ жизни и, поселяясь в теле животных и человека, вызывают тяжелые и опасные заболевания. Сюда относятся малярийные плазмодии, возбудители перемежающихся лихорадок и другие. Много опасных видов простейших известно в классе жгутиковых. Таковы различные трипаносомы, паразитирующие в крови человека и млекопитающих животных. При этом переносчиками болезней оказываются кровососущие насекомые.