Почему летописец сравнил книги с реками, напояющими вселенную?

Потому что книги питают и воспитывает душу человека. А без них человек становится "мертвой душой". Примерно об этом, только несколько с другого ракурса и писал Гоголь. 
Реки дают жизненные силы телу, а книги просвещают нас духовно, обогащают нас и предоставляют возможность развиваться.