Основную массу микрофлоры копченостей составляют микроорганизмы, являющиеся постоянными обитателями желудочно-кишечного тракта. Наиболее часто обнаруживаются стафилококки и микрококки, различные виды гнилостных аэробных бацилл и неспоровые бактерии, дрожжи, молочнокислые палочки, споры плесневых грибов. Иногда обнаруживаются сальмонеллы, реже - другие патогенные микроорганизмы.